Für die kulturelle Zusammenarbeit zwischen Estland und Deutschland wurde im Jahre 1993 das Abkommen über die kulturelle Zusammenarbeit zwischen den beiden Regierungen geschlossen. In den letzten Jahren fand der bedeutendste Teil dieser Zusammenarbeit in erster Linie im Rahmen des freien und direkten Kulturaustausches sowie über direkte Kontakte statt. Da in Deutschland für kulturelle und Bildungsthemen die Bundesländer zuständig sind, so findet die meiste Zusammenarbeit auf diesem Gebiet auf Ebene der Bundesländer statt. Kulturelle Veranstaltungen mit Estland-Bezug werden meistens von Partnerstädten und -regionen organisiert.
Die wichtigsten Botschafter der deutschen Kultur in Estland sind das Deutsche Kulturinstitut in Tallinn und Tartu sowie das 1998 eröffnete Goethe-Institut am Deutschen Kulturinstitut in Tallinn.
Seit 2003 arbeitet in der estnischen Botschaft in Berlin ein Kulturattaché, der bei der Knüpfung von Kontakten sowie bei der Förderung des gegenseitigen Kulturaustausches seinen Beitrag leistet.